医学影像AI的3D Slicer标注方法

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所属分类:医信大学

原创:HealthIT.CN

上海理工大学医学信息工程专业,HealthIT.AI暑期培训班在酷暑高温下继续,最近的科研任务是对阿尔茨海默病(AD)的脑部MRI图像进行基于深度学习的计算,最基本的操作是医学图像的标注和训练。教程如下:​

  • 数据导入:

先将002_S_0413…002_S_1018这四个文件和一个数据目录文件ADNI1_Annual_2_Yr_3T_7_12_2018.csv

下载至3D Slicer 安装路径里面,比如我在H:\Program Files\Slicer 4.10.2路径下创建了一个英文名文件夹,注意不要使用中文路径。

解压文件,然后打开3D Slider :

在上图所示的红色区域就可以选择对应病例图像了,然后就可以对它进行相关的标注。其他压缩文件导入步骤类似。

  • 标注
  • 选择Segmentations
  • 在Active segmentation中选择Creat new Segmentation.
  • 添加切片。
  • 可以改名字和颜色。
  • 进行编辑。
  • 选择主要数据集,编辑菜单才会出现。
  • 第一步:选择画笔。第二步,可以改变画笔的粗细。
  • 点击视图,使得二维图片组成三维状态。
  • 找到相应部位进行标注,可以通过鼠标滑轮显示图像切片并进行标注。
  1. 点击Show 3D,呈现标注后的3D效果。
  • 存储
  1. 点击Modules,选择data.
  • 选择切片,鼠标右键,导出。
  • 选择出现的Label,鼠标右键,导出。
  • 选择路径即可。
  • 其他辅助操作细节略,结合现场演示,请仔细学习参考医学解剖图谱进行标注。按要求上传到文件服务器。,统一文件格式。​
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