医学影像AI的3D Slicer标注方法

原创：HealthIT.CN

上海理工大学医学信息工程专业，HealthIT.AI暑期培训班在酷暑高温下继续，最近的科研任务是对阿尔茨海默病（AD）的脑部MRI图像进行基于深度学习的计算，最基本的操作是医学图像的标注和训练。教程如下：​

• 数据导入：

先将002_S_0413…002_S_1018这四个文件和一个数据目录文件ADNI1_Annual_2_Yr_3T_7_12_2018.csv

下载至3D Slicer 安装路径里面，比如我在H:\Program Files\Slicer 4.10.2路径下创建了一个英文名文件夹，注意不要使用中文路径。

解压文件，然后打开3D Slider :

在上图所示的红色区域就可以选择对应病例图像了，然后就可以对它进行相关的标注。其他压缩文件导入步骤类似。

• 标注
• 选择Segmentations

• 在Active segmentation中选择Creat new Segmentation.

• 添加切片。

• 可以改名字和颜色。

• 进行编辑。

• 选择主要数据集，编辑菜单才会出现。

• 第一步：选择画笔。第二步，可以改变画笔的粗细。

• 点击视图，使得二维图片组成三维状态。

• 找到相应部位进行标注，可以通过鼠标滑轮显示图像切片并进行标注。

1. 点击Show 3D,呈现标注后的3D效果。

• 存储

1. 点击Modules,选择data.

• 选择切片，鼠标右键，导出。

• 选择出现的Label,鼠标右键，导出。

• 选择路径即可。
• 其他辅助操作细节略，结合现场演示，请仔细学习参考医学解剖图谱进行标注。按要求上传到文件服务器。，统一文件格式。​